inst/testScripts/complete/LambdaVirusExample/41.FastqDataSet,QC.R

In HenrikBengtsson/aroma.seq: High-Throughput Sequence Analysis using the Aroma Framework

#!/usr/bin/env Rscript

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library("aroma.seq");
library("qrqc");
library("R.rsp");
verbose <- Arguments$getVerbose(-10, timestamp=TRUE);


dataSet <- "LambdaVirusExample";
organism <- "Lambda_phage";

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# Setup
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# Data set
path <- file.path("fastqData", dataSet, organism);
ds <- FastqDataSet$byPath(path);

# Keep only the small FASTQ files
ds <- extract(ds, "reads");
print(ds);

pdfs <- report(ds, verbose=verbose);
print(pdfs);


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# HISTORY:
# 2012-12-06
# o Created.
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