rBiopaxParserVignette.R
In rBiopaxParser: Parses BioPax files and represents them in R

### R code from vignette source 'rBiopaxParserVignette.Rnw'

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### code chunk number 1: no.nonsense
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rm(list=ls())


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### code chunk number 2: Load_package
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library(rBiopaxParser)


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### code chunk number 3: downloadbiopax (eval = FALSE)
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## file = downloadBiopaxData("NCI","biocarta")


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### code chunk number 4: parsebiopax (eval = FALSE)
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## biopax = readBiopax(file)
## print(biopax)


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### code chunk number 5: loaddata
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data(biopaxexample)


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### code chunk number 6: displaydataframe
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head(biopax$dt)


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### code chunk number 7: accessingbiopax
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pw_list = listInstances(biopax, class="pathway")
pw_complete = selectInstances(biopax, class="pathway")
pwid1 = "pid_p_100002_wntpathway"
pwid2 = "pid_p_100146_hespathway"
getInstanceProperty(biopax, pwid1, property="NAME")
getInstanceProperty(biopax, pwid2, property="NAME")
pw_1 = selectInstances(biopax, class="pathway", id=pwid1)
pw_1_component_list = listPathwayComponents(biopax,pwid1)
pw_1_components = selectInstances(biopax,id=pw_1_component_list$id)
pw_2 = selectInstances(biopax, class="pathway", id=pwid2)
pw_2_component_list = listPathwayComponents(biopax,pwid2)
pw_2_components = selectInstances(biopax,id=pw_2_component_list$id)


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### code chunk number 8: pathwaytoregulatorygraphs (eval = FALSE)
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## pw_1_adj = pathway2AdjacancyMatrix(biopax, pwid1, expandSubpathways=TRUE,
## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)
## pw_1_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, pwid1,
## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)
## pw_2_adj = pathway2AdjacancyMatrix(biopax, pwid2, expandSubpathways=TRUE,
## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)
## pw_2_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, pwid2,
## splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)


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### code chunk number 9: layoutgraphs (eval = FALSE)
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## pw_1_graph_laidout = layoutRegulatoryGraph(pw_1_graph)
## pw_2_graph_laidout = layoutRegulatoryGraph(pw_2_graph)


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### code chunk number 10: plotgraphs (eval = FALSE)
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## plotRegulatoryGraph(pw_1_graph)
## plotRegulatoryGraph(pw_2_graph)


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### code chunk number 11: mergedgraph (eval = FALSE)
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## merged_graph = uniteGraphs(pw_1_graph_laidout,pw_2_graph_laidout)
## plotRegulatoryGraph(merged_graph, layoutGraph=FALSE)


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### code chunk number 12: beautifygraphs (eval = FALSE)
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## nodeRenderInfo(merged_graph)$cex = 1
## nodeRenderInfo(merged_graph)$textCol = "red"
## nodeRenderInfo(merged_graph)$fill = "green"
## plotRegulatoryGraph(merged_graph, layoutGraph=FALSE)


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### code chunk number 13: modifypathways (eval = FALSE)
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## biopax = mergePathways(biopax, pwid1, pwid2, NAME="mergedpw1", ID="mergedpwid1")
## mergedpw_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, 
## 		"mergedpwid1", splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)
## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(mergedpw_graph))


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### code chunk number 14: createbiopax1
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biopax = createBiopax()
for(i in LETTERS[1:5]) {
	biopax = addPhysicalEntity(biopax, class="protein",
		NAME=paste("protein",i,sep="_"), 
		id=paste("proteinid",i,sep="_"))
	biopax = addPhysicalEntityParticipant(biopax,
		referencedPhysicalEntityID=paste("proteinid",i,sep="_"), 
		id=paste("PEPid",i,sep="_"))
	biopax = addBiochemicalReaction(biopax, LEFT=paste("PEPid",i,sep="_"),
		RIGHT=paste("PEPid",i,sep="_"),
		id=paste("BCRid",i,sep="_"))
}


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### code chunk number 15: createbiopax2
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biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="ACTIVATION",
	CONTROLLER="PEPid_A", CONTROLLED=c("BCRid_B"),id="control_1")
biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="INHIBITION",
	CONTROLLER="PEPid_A", CONTROLLED=c("BCRid_C"),id="control_2")
biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="ACTIVATION",
	CONTROLLER="PEPid_C", CONTROLLED=c("BCRid_D"),id="control_3")
biopax = addControl(biopax, CONTROL_TYPE="INHIBITION",
	CONTROLLER="PEPid_C", CONTROLLED=c("BCRid_E"), id="control_4")


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### code chunk number 16: createbiopax3
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biopax = addPathway(biopax, NAME="pw1",
	PATHWAY_COMPONENTS=c("control_1","control_2"), id="pwid1")
biopax = addPathway(biopax, NAME="pw2",
	PATHWAY_COMPONENTS=c("control_3","control_4"), id="pwid2")
biopax = mergePathways(biopax, "pwid1", "pwid2", NAME="pw3", id="pwid3")


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### code chunk number 17: createbiopax4 (eval = FALSE)
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## pw1_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, "pwid1",
## 	splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)
## pw2_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, "pwid2",
## 	splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)
## pw3_graph = pathway2RegulatoryGraph(biopax, "pwid3",
## 	splitComplexMolecules=TRUE, verbose=TRUE)


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### code chunk number 18: createbiopax5 (eval = FALSE)
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## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(pw1_graph))
## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(pw2_graph))
## plotRegulatoryGraph(layoutRegulatoryGraph(pw3_graph))


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### code chunk number 19: removebiopaxinstances (eval = FALSE)
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## temp = biopax
## temp = removeProperties(temp, id="newpwid2", properties="PATHWAY-COMPONENTS")
## temp = removeInstance(temp, id="newpwid3")


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### code chunk number 20: writeoutbiopax (eval = FALSE)
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## writeBiopax(biopax, file="test.writeBiopax.owl")


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### code chunk number 21: examplereactome1 (eval = FALSE)
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## file = downloadBiopaxData("reactome","reactome", version="biopax3")


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### code chunk number 22: examplereactome1 (eval = FALSE)
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## biopax = readBiopax(file)
## print(biopax)


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### code chunk number 23: rBiopaxParserVignette.Rnw:659-660
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toLatex(sessionInfo())