compendium_profiles_TF: Metagene profile data for transcription factors

In carmencita/chic.data: ChIC package data

Description

Compendium of averaged metagene profiles for the ChIC package. Contains averaged metagene profiles for following ChIP-seq datasets from ENCODE.

Usage

data(compendium_profiles_TF)

Format

A list of data frames with the coordinates of the metagene profile of the respective transcription factor.

x : genomic coordinates mean : the mean of the signal intensity in the compendium sd : the standard deviation of the signal intensity in the compendium q1..q5 : being the respective quantile of the value distribution sderr : standard error setSize : setsize analysed

Details

• ARID3A

• ATF2

• ATF3

• BACH1

• BATF

• BCL11A

• BCL3

• BCLAF1

• BHLHE40

• BRCA1

• CBX2

• CBX3

• CEBPB

• CEBPD

• CEBPZ

• CHD1

• CHD2

• CHD4

• CREB1

• CREBBP

• CTCF

• CUX1

• E2F4

• E2F6

• EBF1

• EGR1

• ELF1

• ELK1

• EP300

• ESRRA

• ETS1

• EZH2

• FOSL1

• FOSL2

• FOS

• FOXA1

• FOXA2

• FOXM1

• GABPA

• GATA2

• GATA3

• GTF2F1

• HA

• HDAC2

• HDAC6

• HNF4A

• HNF4G

• IRF3

• IRF4

• JUND

• JUN

• KAT2A

• KAT2B

• KDM1A

• KDM4A

• KDM5A

• KDM5B

• MAFF

• MAFK

• MAX

• MAZ

• MBD4

• MEF2A

• MEF2C

• MTA3

• MXI1

• MYBL2

• MYC

• NANOG

• NCOR1

• NFATC1

• NFIC

• NR2F2

• NR3C1

• NRF1

• PAX5

• PBX3

• PHF8

• PML

• POU2F2

• PRDM1

• RAD21

• RBBP5

• RCOR1

• REST

• RFX5

• RNF2

• RUNX3

• RXRA

• SAP30

• SETDB1

• SIN3A

• SIRT6

• SIX5

• SMC3

• SP1

• SP2

• SP4

• SPI1

• SREBF1

• SREBF2

• SRF

• STAT3

• STAT5A

• SUPT20H

• SUZ12

• TAF1

• TAF7

• TAL1

• TBP

• TCF12

• TCF3

• TEAD4

• USF1

• USF2

• WRNIP1

• YY1

• ZBTB33

• ZBTB7A

• ZC3H11A

• ZEB1

• ZMIZ1

• ZNF143

• ZNF274

• ZNF384

Source

XX

carmencita/chic.data documentation built on May 2, 2021, 5:09 p.m.