runGC.R
In metaMS: MS-based metabolomics annotation pipeline

### R code from vignette source 'runGC.Rnw'

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### code chunk number 1: runGC.Rnw:110-114
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library(metaMS)
data(FEMsettings)
TSQXLS.GC
metaSetting(TSQXLS.GC, "PeakPicking")


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### code chunk number 2: runGC.Rnw:137-138
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data(threeStdsDB)


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### code chunk number 3: runGC.Rnw:140-148 (eval = FALSE)
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## library(metaMSdata)
## data(threeStdsDB)        ## provides DB
## 
## cdfdir <- system.file("extdata", package = "metaMSdata")
## cdffiles <- list.files(cdfdir, pattern = "_GC_",
##                        full.names = TRUE, ignore.case = TRUE)
## result <- runGC(files = cdffiles, settings = TSQXLS.GC, DB = DB,
##                 nSlaves = 2)


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### code chunk number 4: runGC.Rnw:152-153 (eval = FALSE)
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## result <- runGC(xset = GCset, settings = TSQXLS.GC, DB = DB)


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### code chunk number 5: runGC.Rnw:168-169
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data("GCresults")


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### code chunk number 6: runGC.Rnw:171-172
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allSamples.msp <- GCresults$samples.msp


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### code chunk number 7: runGC.Rnw:183-186 (eval = FALSE)
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## GCset <- peakDetection(cdffiles, 
##                        settings = metaSetting(TSQXLS.GC, "PeakPicking"), 
##                        convert2list = TRUE, nSlaves = 2)


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### code chunk number 8: runGC.Rnw:220-222 (eval = FALSE)
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## allSamples <- lapply(GCset, runCAMERA, chrom = "GC", 
##                      settings = metaSetting(TSQXLS.GC, "CAMERA"))


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### code chunk number 9: runGC.Rnw:233-235 (eval = FALSE)
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## allSamples.msp <- lapply(allSamples, to.msp, file = NULL, 
##                          settings = metaSetting(TSQXLS.GC, "DBconstruction"))


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### code chunk number 10: runGC.Rnw:237-239
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sapply(allSamples.msp, length)
allSamples.msp[[1]][[26]]


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### code chunk number 11: runGC.Rnw:252-253
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plotPseudoSpectrum(allSamples.msp[[1]][[26]])


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### code chunk number 12: runGC.Rnw:270-276
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DB.treated <- treat.DB(DB)
allSam.matches <- 
    matchSamples2DB(allSamples.msp, DB = DB.treated, 
                    settings = metaSetting(TSQXLS.GC, "match2DB"), 
                    quick = FALSE)
allSam.matches


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### code chunk number 13: runGC.Rnw:292-294
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matchExpSpec(allSamples.msp[[1]][[4]], DB.treated, 
             DB.treated = TRUE, plotIt = TRUE)


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### code chunk number 14: runGC.Rnw:333-341
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allSamples.msp.scaled <- lapply(allSamples.msp, treat.DB, 
                                isMSP = FALSE)
allSam.matches <- 
    matchSamples2Samples(allSamples.msp.scaled, 
                         allSamples.msp, 
                         annotations = allSam.matches$annotations, 
                         settings = metaSetting(TSQXLS.GC, "betweenSamples"))
names(allSam.matches)


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### code chunk number 15: runGC.Rnw:351-352
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allSam.matches$annotations[[1]]


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### code chunk number 16: runGC.Rnw:365-368
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features.df <- getFeatureInfo(stdDB = DB, allMatches = allSam.matches, 
                              sampleList = allSamples.msp)
features.df[, c(1:3, ncol(features.df) - 2:0)]


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### code chunk number 17: runGC.Rnw:390-395
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PseudoSpectra <- constructExpPseudoSpectra(allMatches = allSam.matches, 
                                           standardsDB = DB)
ann.df <- getAnnotationMat(exp.msp = allSamples.msp, pspectra = PseudoSpectra, 
                           allMatches = allSam.matches)
ann.df


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### code chunk number 18: runGC.Rnw:401-405
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ann.df2 <- sweep(ann.df, 1, sapply(PseudoSpectra, 
                                   function(x) max(x$pspectrum[, 2])), 
                 FUN = "*")
ann.df2


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### code chunk number 19: runGC.Rnw:429-435
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library(metaMSdata)
stddir <- system.file("extdata", package = "metaMSdata")
input.file <- list.files(stddir, pattern = "csv", full.names = TRUE)
threeStdsInfo <- readStdInfo(input.file, stddir, sep = ";", dec = ",")
threeStdsInfo[,"stdFile"] <- file.path(stddir, "STDmix_GC_03.CDF")
threeStdsInfo[,c(1:4, 8)]


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### code chunk number 20: runGC.Rnw:450-453 (eval = FALSE)
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## data(threeStdsNIST)                       ## provides smallDB
## DB <- createSTDdbGC(threeStdsInfo, TSQXLS.GC, extDB = smallDB,
##                     nSlaves = 2)


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### code chunk number 21: runGC.Rnw:462-463
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names(DB[[1]])