RTCAtransformation.R
In RTCA: Open-source toolkit to analyse data from xCELLigence System (RTCA)

### R code from vignette source 'RTCAtransformation.Rnw'

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### code chunk number 1: lib
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library(xtable)
library(RTCA)


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### code chunk number 2: dataset
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ofile <-  system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA")
pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA")
pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well")
metaData <- data.frame(labelDescription=c(
                         "Rack number",
                         "siRNA catalogue number",
                         "siRNA gene symbol",
                         "siRNA EntrezGene ID",
                         "siRNA targeting accession"
                         ))
phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData)
x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData)


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### code chunk number 3: dims
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xTimePointNo <- dim(x)[[1]]
xSampleNo <- dim(x)[[2]]


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### code chunk number 4: smoothTransform
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xSmooth <- smoothTransform(x)


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### code chunk number 5: interpolationTranform
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xInter <- interpolationTransform(x)


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### code chunk number 6: derivTransform
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xDeriv <- derivativeTransform(x)


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### code chunk number 7: rgrTransform
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xRgr <- rgrTransform(x)


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### code chunk number 8: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())