CGHnormaliter.R
In CGHnormaliter: Normalization of array CGH data with imbalanced aberrations.

### R code from vignette source 'CGHnormaliter.Rnw'

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### code chunk number 1: CGHnormaliterPackage
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options(keep.source=TRUE)
CGHnormaliterPackage <- packageDescription("CGHnormaliter")


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### code chunk number 2: loadData
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library(CGHnormaliter)
data(Leukemia)


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### code chunk number 3: runCGHnormaliter
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result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=4, cellularity=0.9)


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### code chunk number 4: accessResults
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normalized.data <- copynumber(result)  # log2 ratios
segmented.data <- segmented(result)
called.data <- calls(result)


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### code chunk number 5: densityPlotCommand
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plot(density(normalized.data[, 2]), col=1, xlab="log2 ratio",
                                    main="Density plot")
abline(v=0, lty=2)



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### code chunk number 6: densityPlotFigure
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plot(density(normalized.data[, 2]), col=1, xlab="log2 ratio",
                                    main="Density plot")
abline(v=0, lty=2)



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### code chunk number 7: callPlotCommand
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plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1)


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### code chunk number 8: callPlotFigure
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plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1)


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### code chunk number 9: saveNormalizedData
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CGHnormaliter.write.table(result)


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### code chunk number 10: saveOtherData
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CGHnormaliter.write.table(result, data.type="segmented")
CGHnormaliter.write.table(result, data.type="called")