hpo_tiers_auto: Human Phenotype Ontology: disease severity tiers (auto)

In neurogenomics/HPOExplorer: Analysis and Visualisation of the Human Phenotype Ontology

Human Phenotype Ontology: disease severity tiers (auto)

Description

HPO severity tiers automatically assigned using make_tiers.

Usage

data("hpo_tiers_auto")

Format

data.table

Source

hpo_tiers_auto <- HPOExplorer:::make_tiers(as_datatable=TRUE) hpo_tiers_auto <- add_onset(phenos = hpo_tiers_auto) #### Filter by onset criterion #### ### Tier 1: Shortened life span: infancy hpo_tiers_auto[tier_auto=="Tier1" & onset_score>5,]$tier_auto <- NA ### Tier 2: Shortened life span: premature adulthood hpo_tiers_auto[tier_auto=="Tier2" & onset_score>=11,]$tier_auto <- NA hpo_tiers_auto <- hpo_tiers_auto[,c("hpo_id","tier_auto")] hpo_tiers_auto <- hpo_tiers_auto[!is.na(tier_auto),] hpo_tiers_auto[,tier_auto:=as.integer(gsub("Tier","",tier_auto))] hpo_tiers_auto <- unique(hpo_tiers_auto) usethis::use_data(hpo_tiers_auto, overwrite = TRUE)

neurogenomics/HPOExplorer documentation built on Aug. 24, 2024, 1:39 a.m.