inst/doc/viper.R

In chrischen1/viper_copy: Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon analysis

### R code from vignette source 'viper.Rnw'

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### code chunk number 1: viper.Rnw:68-72 (eval = FALSE)
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## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("mixtools")
## biocLite("bcellViper")
## biocLite("viper")


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### code chunk number 2: viper.Rnw:78-79
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library(viper)


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### code chunk number 3: viper.Rnw:94-97
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data(bcellViper, package="bcellViper")
adjfile <- system.file("aracne", "bcellaracne.adj", package = "bcellViper")
regul <- aracne2regulon(adjfile, dset, verbose = FALSE)


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### code chunk number 4: viper.Rnw:99-100
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print(regul)


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### code chunk number 5: viper.Rnw:117-118
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signature <- rowTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N")


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### code chunk number 6: viper.Rnw:124-126
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signature <- (qnorm(signature$p.value/2, lower.tail = FALSE) * 
                sign(signature$statistic))[, 1]


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### code chunk number 7: viper.Rnw:134-136
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nullmodel <- ttestNull(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", per = 1000,
                       repos = TRUE, verbose = FALSE)


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### code chunk number 8: viper.Rnw:144-145
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regulon


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### code chunk number 9: viper.Rnw:150-151
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mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE)


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### code chunk number 10: viper.Rnw:156-157
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summary(mrs)


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### code chunk number 11: msviper
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plot(mrs, cex = .7)


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### code chunk number 12: viper.Rnw:179-181
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mrs <- ledge(mrs)
summary(mrs)


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### code chunk number 13: viper.Rnw:191-193
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signature <- bootstrapTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", verbose = FALSE)
mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE)


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### code chunk number 14: viper.Rnw:197-198
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mrs <- bootstrapmsviper(mrs, "mode")


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### code chunk number 15: bsmsviper
###################################################
plot(mrs, cex = .7)


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### code chunk number 16: viper.Rnw:219-220
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mrshadow <- shadow(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE)


###################################################
### code chunk number 17: viper.Rnw:225-226
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summary(mrshadow)


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### code chunk number 18: viper.Rnw:235-236
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mrs <- msviperCombinatorial(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE)


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### code chunk number 19: viper.Rnw:240-241
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mrs <- msviperSynergy(mrs, verbose = FALSE)


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### code chunk number 20: synmsviper
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summary(mrs)
plot(mrs, 25, cex = .7)


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### code chunk number 21: viper.Rnw:263-264
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vpres <- viper(dset, regulon, verbose = FALSE)


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### code chunk number 22: viper.Rnw:268-269
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dim(vpres)


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### code chunk number 23: viper.Rnw:273-276
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tmp <- rowTtest(vpres, "description", c("CB", "CC"), "N")
data.frame(Gene = rownames(tmp$p.value), t = round(tmp$statistic, 2),
"p-value" = signif(tmp$p.value, 3))[order(tmp$p.value)[1:10], ]


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### code chunk number 24: viper.Rnw:287-289
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vpsig <- viperSignature(dset, "description", "N", verbose = FALSE)
vpres <- viper(vpsig, regulon, verbose = FALSE)


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### code chunk number 25: euviper
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pos <- pData(vpres)[["description"]] %in% c("M", "CB", "CC")
d1 <- exprs(vpres)[, pos]
colnames(d1) <- pData(vpres)[["description"]][pos]
dd <- dist(t(d1), method = "euclidean")
heatmap(as.matrix(dd), Rowv = as.dendrogram(hclust(dd, method = "average")), symm = T)


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### code chunk number 26: viper.Rnw:313-314
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dd <- viperSimilarity(d1)


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### code chunk number 27: sigviper
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heatmap(as.matrix(as.dist(dd)), Rowv = as.dendrogram(hclust(as.dist(dd),
method = "average")), symm = T)