inst/doc/goProfiles.R

In alexsanchezpla/goProfiles: goProfiles: an R package for the statistical analysis of functional profiles

### R code from vignette source 'goProfiles.Rnw'

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### code chunk number 1: requiredFiles1
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options(width=60, warn=0, digits=5)
require(goProfiles)


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### code chunk number 2: prostateIds
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require(goProfiles)
data(prostateIds)


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### code chunk number 3: basicProfilesMF
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welsh.MF <- basicProfile (welsh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") 
singh.MF <- basicProfile (singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") 
welsh.singh.MF <-mergeProfilesLists(welsh.MF, singh.MF, profNames=c("Welsh", "Singh"))
printProfiles(welsh.singh.MF, percentage=TRUE)


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### code chunk number 4: plotProfileMF
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plotProfiles (welsh.MF, aTitle="Welsh (2001). Prostate cancer data")


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### code chunk number 5: basicProfilesANY
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welsh <- basicProfile (welsh01EntrezIDs[1:100], onto="ANY", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db") 


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### code chunk number 6: comparevisual
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plotProfiles (welsh.singh.MF, percentage=T,aTitle="Welsh vs Singh", legend=T) 


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### code chunk number 7: compareDiff1
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compared.welsh.singh.01.MF <- compareGeneLists (welsh01EntrezIDs[1:100], singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")
print(compSummary(compared.welsh.singh.01.MF))


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### code chunk number 8: fisherGOProf1
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list1 <- welsh01EntrezIDs[1:100]
list2 <- singh01EntrezIDs[1:100]
commProf <- basicProfile(intersect(list1, list2), onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")$MF
fisherGOProfiles(welsh.MF$MF, singh.MF$MF, commProf, method="holm")


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### code chunk number 9: compareEquiv1
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data(prostateIds)
expandedWelsh <- expandedProfile(welsh01EntrezIDs[1:100], onto="MF",
                        level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")
expandedSingh <- expandedProfile(singh01EntrezIDs[1:100], onto="MF",
                        level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")
commonGenes <- intersect(welsh01EntrezIDs[1:100], singh01EntrezIDs[1:100])
commonExpanded <- expandedProfile(commonGenes, onto="MF", level=2, orgPackage="org.Hs.eg.db")

equivMF <-equivalentGOProfiles (expandedWelsh[['MF']], 
                          qm  = expandedSingh[['MF']], 
                          pqn0= commonExpanded[['MF']])
print(equivSummary(equivMF, decs=5))