inst/doc/yaqcaffy.R

In yaqcaffy: Affymetrix expression data quality control and reproducibility analysis

### R code from vignette source 'yaqcaffy.Rnw'

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### code chunk number 1: data
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library("yaqcaffy")
library("affydata")
data(Dilution)
## probe intensities modification
tmp <- exprs(Dilution)
tmp[,1] <- tmp[,1]*2
exprs(Dilution) <- tmp


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### code chunk number 2: yaqc
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yqc <- yaqc(Dilution, verbose=TRUE)
show(yqc)


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### code chunk number 3: objectversion
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objectVersion(yqc)


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### code chunk number 4: plotqual
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plot(yqc)


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### code chunk number 5: outlier
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getOutliers(yqc,"sfs")


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### code chunk number 6: merge
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yqc2 <- yaqc(Dilution[, 2:3])
arrays(yqc) 
arrays(yqc2)
yqc3 <- merge(yqc, yqc2)
arrays(yqc3)


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### code chunk number 7: myyaqccontolprobes (eval = FALSE)
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## yqc <- yaqc(myAffyData, myYaqcControlProbes = yaqcControlProbes)


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### code chunk number 8: maqcsubsetafx
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library(MAQCsubsetAFX)
data(refB)
d <- refB[,1]
sampleNames(d)


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### code chunk number 9: reprodplot (eval = FALSE)
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## reprodPlot(d, "refA", normalize="rma")


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### code chunk number 10: reprodplorFig
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reprodPlot(d, "test", normalize="none")


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### code chunk number 11: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())