inst/doc/seq2pathwaypackage.R

In seq2pathway: a novel tool for functional gene-set (or termed as pathway) analysis of next-generation sequencing data

### R code from vignette source 'seq2pathwaypackage.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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library("seq2pathway.data")
library("seq2pathway")


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### code chunk number 2: shoefunction(runseq2pathway)
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head(runseq2pathway, n=8)


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### code chunk number 3: Chipseq_Peak_demo
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data(Chipseq_Peak_demo)
class(Chipseq_Peak_demo)
head(Chipseq_Peak_demo)


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### code chunk number 4: GRanges_demo
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data(GRanges_demo)
class(GRanges_demo)
GRanges_demo[1:3,]


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### code chunk number 5: MsigDB_C5
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data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data")
class(MsigDB_C5)     


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### code chunk number 6: Chipseq_Peak_demo
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data(Chipseq_Peak_demo)
head(Chipseq_Peak_demo)    


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### code chunk number 7: runseq2gene
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Chipseq_anno <- runseq2gene(
                  inputfile=Chipseq_Peak_demo, 
                  genome="hg38", adjacent=FALSE, SNP=FALSE, search_radius=1000, 
                  PromoterStop=FALSE,NearestTwoDirection=TRUE)
class(Chipseq_anno)
head(Chipseq_anno[[1]])


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### code chunk number 8: MsigDB_C5
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## give the previously defined gene-sets  
data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data")
class(MsigDB_C5)    
## load the gene-level measurements, here is an example of ChIP-seq scores
data(dat_chip)
head(dat_chip)


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### code chunk number 9: dat_gene2path_chip
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data(dat_gene2path_chip,package="seq2pathway.data")
names(dat_gene2path_chip)
class(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.2)
names(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.2)
dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.2$GO_BP[1:3,]

class(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET)
names(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET)
colnames(dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET$GO_BP)
dat_gene2path_chip$gene2pathway_result.FET$GO_BP[1:3,-2]


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### code chunk number 10: MsigDB_C5
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data(MsigDB_C5,package="seq2pathway.data")
class(MsigDB_C5)  


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### code chunk number 11: dat_chip
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data(dat_chip)
head(dat_chip)


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### code chunk number 12: FisherTest_GO_BP_MF_CC
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data(dat_chip)
head(dat_chip)


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### code chunk number 13: importseq2pathway
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require(seq2pathway)


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### code chunk number 14: sessionInfo
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sessionInfo();