vignette.R
In rfPred: Assign rfPred functional prediction scores to a missense variants list

### R code from vignette source 'vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: vignette.Rnw:27-28
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library(rfPred)


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### code chunk number 3: vignette.Rnw:31-33
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data(variant_list_Y)
print(variant_list_Y)


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### code chunk number 4: vignette.Rnw:36-40
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result=rfPred_scores(variant_list=variant_list_Y,
                     data="http://www.sbim.fr/rfPred/all_chr_rfPred.txtz", 
                     index="http://www.sbim.fr/rfPred/all_chr_rfPred.txtz.tbi")
print(result)


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### code chunk number 5: vignette.Rnw:45-49
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result2=rfPred_scores(variant_list=variant_list_Y[,1:4],
                      data="http://www.sbim.fr/rfPred/all_chr_rfPred.txtz", 
                      index="http://www.sbim.fr/rfPred/all_chr_rfPred.txtz.tbi")
print(result2)


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### code chunk number 6: vignette.Rnw:59-63
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result3=rfPred_scores(variant_list=variant_list_Y,
                      data="http://www.sbim.fr/rfPred/all_chr_rfPred.txtz", 
                      index="http://www.sbim.fr/rfPred/all_chr_rfPred.txtz.tbi",
                      file.export="results.csv")