pkgDepTools.R
In pkgDepTools: Package Dependency Tools

### R code from vignette source 'pkgDepTools.Rnw'

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### code chunk number 1: setup0
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options(width=72)


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### code chunk number 2: setup
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library("pkgDepTools")
library("Biobase")
library("Rgraphviz")


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### code chunk number 3: testMakeDepGraph0
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library(BiocManager)
biocUrl <- repositories()["BioCsoft"]
biocDeps <- makeDepGraph(biocUrl, type="source", dosize=FALSE)


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### code chunk number 4: testMakeDepGraph
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biocDeps
edges(biocDeps)["annotate"]
## if dosize=TRUE, size in MB is stored
## as a node attribute:
## nodeData(biocDeps, n="annotate", attr="size")


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### code chunk number 5: CategoryPlot
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categoryNodes <- c("Category", 
                   names(acc(biocDeps, "Category")[[1]]))
categoryGraph <- subGraph(categoryNodes, biocDeps)
nn <- makeNodeAttrs(categoryGraph, shape="ellipse")
plot(categoryGraph, nodeAttrs=nn)


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### code chunk number 6: demo-setup
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allDeps <- makeDepGraph(repositories(), type="source",
                        keep.builtin=TRUE, dosize=FALSE)



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### code chunk number 7: demo1
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getInstallOrder("GOstats", allDeps)


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### code chunk number 8: demo2
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getInstallOrder("GOstats", allDeps, needed.only=FALSE)


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### code chunk number 9: whoDependsOnMe
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allDepsOnMe <- reverseEdgeDirections(allDeps)
usesMethods <- dijkstra.sp(allDepsOnMe, start="methods")$distance
usesMethods <- usesMethods[is.finite(usesMethods)]
length(usesMethods) - 1 ## don't count methods itself
table(usesMethods)



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### code chunk number 10: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())