inst/doc/gaia.R

In gaia: GAIA: An R package for genomic analysis of significant chromosomal aberrations.

### R code from vignette source 'gaia.Rnw'

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### code chunk number 1: loadGAIA
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library(gaia)


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### code chunk number 2: loadMarkersData
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data(synthMarkers_Matrix)


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### code chunk number 3: loadCNVData
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data(synthCNV_Matrix)


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### code chunk number 4: createMarkersObject
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markers_obj <- load_markers(synthMarkers_Matrix)


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### code chunk number 5: createCNVObject
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cnv_obj <- load_cnv(synthCNV_Matrix, markers_obj, 10)


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### code chunk number 6: runGAIA_default
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results <- runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "CompleteResults.txt")


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### code chunk number 7: printResults
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results[which(results[,6]==min(results[,6])),]


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### code chunk number 8: runGAIA_notDefault
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results <- runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "Results.txt", aberrations=1, chromosomes=c(10, 11, 14), threshold=0.5)


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### code chunk number 9: loadCRC
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data(crc_markers)
data(crc)
crc_markers_obj <- load_markers(crc_markers)
crc_cnv_obj <- load_cnv(crc, crc_markers_obj, 30)


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### code chunk number 10: runGAIA_on_CRC
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res <- runGAIA(crc_cnv_obj, crc_markers_obj, "crcResults.txt",  chromosomes=14, hom_threshold=0.12)


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### code chunk number 11: runGAIA_approx_on_CRC
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res <- runGAIA(crc_cnv_obj, crc_markers_obj, "crc_approx_Results.txt", hom_threshold=0.12, num_iterations=5000, approximation=TRUE)