fastseg.R
In fastseg: fastseg - a fast segmentation algorithm

### R code from vignette source 'fastseg.Rnw'

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### code chunk number 1: fastseg.Rnw:39-42
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options(width=80)
set.seed(0)
fastsegVersion <- packageDescription("fastseg")$Version


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### code chunk number 2: fastseg.Rnw:106-107
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library(fastseg)


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### code chunk number 3: fastseg.Rnw:123-131
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data(coriell)
head(coriell)

samplenames <- colnames(coriell)[4:5]
data <- as.matrix(coriell[4:5])
#data[is.na(data)] <- median(data, na.rm=TRUE)
chrom <- coriell$Chromosome
maploc <- coriell$Position


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### code chunk number 4: fastseg.Rnw:144-149
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data2 <- data[, 1]
res <- fastseg(data2)
head(res)




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### code chunk number 5: fastseg.Rnw:153-156
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data2 <- data[1:400, ]
res <- fastseg(data2)
head(res)


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### code chunk number 6: fastseg.Rnw:162-182
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library("GenomicRanges")

## with both individuals
gr <- GRanges(seqnames=chrom,
        ranges=IRanges(maploc, end=maploc))
mcols(gr) <- data
colnames(mcols(gr)) <- samplenames
res <- fastseg(gr)
head(res)



## with one individual
gr2 <- gr
data2 <- as.matrix(data[, 1])
colnames(data2) <- "sample1"
mcols(gr2) <- data2
res <- fastseg(gr2)
head(res)



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### code chunk number 7: fastseg.Rnw:187-201
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library(oligo)
eSet <- new("ExpressionSet")
assayData(eSet) <- list(intensity=data)

featureData(eSet) <- new("AnnotatedDataFrame", 
        data=data.frame(
                chrom = paste("chr",chrom,sep=""),
                start = maploc, 
                end   = maploc,stringsAsFactors=FALSE))
phenoData(eSet) <- new("AnnotatedDataFrame", 
        data=data.frame(samples=samplenames))
sampleNames(eSet) <- samplenames
res <- fastseg(eSet)
head(res)


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### code chunk number 8: fastseg.Rnw:205-210
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data2 <- data[, 1]
res <- fastseg(data2)
head(res)




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### code chunk number 9: fastseg.Rnw:214-217
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data2 <- data[1:400, ]
res <- fastseg(data2)
head(res)


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### code chunk number 10: fastseg.Rnw:225-231
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## with both individuals
gr <- GRanges(seqnames=chrom,
        ranges=IRanges(maploc, end=maploc))
mcols(gr) <- data
colnames(mcols(gr)) <- samplenames
res <- fastseg(gr,segMedianT=0.2)


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### code chunk number 11: fastseg.Rnw:237-238
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segPlot(gr,res, plot.type="w")


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### code chunk number 12: fastseg.Rnw:245-246
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segPlot(gr,res, plot.type="s")


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### code chunk number 13: fastseg.Rnw:259-261
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data(fastsegData)
system.time(res <- fastseg(fastsegData))


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### code chunk number 14: fastseg.Rnw:265-266
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segPlot(fastsegData,res, plot.type="w")


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### code chunk number 15: fastseg.Rnw:270-273
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library(DNAcopy)
cna <- DNAcopy::CNA(fastsegData,chrom="chr1",maploc=1:length(fastsegData))
system.time(res2 <- DNAcopy::segment(cna))


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### code chunk number 16: fastseg.Rnw:277-278
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plot(res2, plot.type="w", xmaploc=TRUE)


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### code chunk number 17: fastseg.Rnw:296-297 (eval = FALSE)
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## toBibtex(citation("fastseg"))