coGPS.R
In coGPS: cancer outlier Gene Profile Sets

### R code from vignette source 'coGPS.Rnw'

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### code chunk number 1: loading
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library(coGPS)
data(Exon_exprs_matched)
data(Methy_exprs_matched)
data(CNV_exprs_matched)
data(Exon_classlab_matched)
data(Methy_classlab_matched)
data(CNV_classlab_matched)
head(Exon_exprs_matched[,1:5])
head(Methy_exprs_matched[,1:5])
head(CNV_exprs_matched[,1:5])


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### code chunk number 2: transforming
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#exprslist[[i]]$exprs should be in matrix format
Exon_exprs<-as.matrix(Exon_exprs_matched)
Methy_exprs<-as.matrix(Methy_exprs_matched)
CNV_exprs<-as.matrix(CNV_exprs_matched)

#exprslist[[i]]$classlab should be in vector format
Exon_classlab<-unlist(Exon_classlab_matched)
Methy_classlab<-unlist(Methy_classlab_matched)
CNV_classlab<-unlist(CNV_classlab_matched)

#make an exprslist consisting 3 studies
trylist<-list()
trylist[[1]]<-list(exprs=Exon_exprs,classlab=Exon_classlab)
trylist[[2]]<-list(exprs=Methy_exprs,classlab=Methy_classlab)
trylist[[3]]<-list(exprs=CNV_exprs,classlab=CNV_classlab)


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### code chunk number 3: subtypeanalysis
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a7<-PCOPA(trylist,0.05,side=c("up","down","up"),type="subtype")


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### code chunk number 4: uniformanalysis
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a8<-PCOPA(trylist,0.05,side=c("up","down","up"),type="uniform")


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### code chunk number 5: plotPCOPA
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PlotTopPCOPA(trylist,a8,topcut=1,typelist=c("Exon","Methy","CNV"))


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### code chunk number 6: coGPS.Rnw:195-196
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PlotTopPCOPA(trylist,a8,topcut=1,typelist=c("Exon","Methy","CNV"))


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### code chunk number 7: permutation
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perma7<-permCOPA(trylist,0.05,side=c("up","down","up"),type="subtype",perms=2)


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### code chunk number 8: pvaluecal1
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pvaluea7<-sapply(1:length(a7),function(i) 
	length(which(perma7[i,]>a7[i]))/ncol(perma7))


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### code chunk number 9: pvaluecal2
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dista7<-as.vector(perma7)
pvaluea7<-sapply(1:length(a7),function(i) 
	length(which(dista7>a7[i]))/length(dista7))


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### code chunk number 10: GSA
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library(limma)
data(human_c1)
genename<-rownames(Exon_exprs)
test_set1_a7<-rep(1,length(Hs.gmtl.c1))
for(i in 1:length(Hs.gmtl.c1))
{
	set<-Hs.gmtl.c1[[i]]
 	matched<-match(genename,set)
	index<-is.na(matched)==FALSE
	if(sum(as.numeric(index))>0)
	{
		test_set1_a7[i]<-wilcoxGST(index,a7)
	}
	else
	{
		test_set1_a7[i]<-NA
	}
}


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### code chunk number 11: PatientSpecific
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IndividualList7<-PatientSpecificGeneList(trylist,0.05,side=c("down","up","down"),
type="subtype",TopGeneNum=100)


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### code chunk number 12: Patient1
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IndividualList7[[1]]


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### code chunk number 13: patient7
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IndividualList7[[33]]