cellGrowth.R
In cellGrowth: Fitting cell population growth models

### R code from vignette source 'cellGrowth.Rnw'

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### code chunk number 1: set_width
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options( width = 60 )


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### code chunk number 2: loadlib
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library(cellGrowth)


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### code chunk number 3: cellGrowth.Rnw:61-62
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options(continue=" ")


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### code chunk number 4: loadex
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examplePath = system.file("extdata", package="cellGrowth")
dat = readYeastGrower(file.path(examplePath,"Plate2_YPFruc.txt"))
fit = fitCellGrowth(
	x=dat$time,
	z=log2(dat$OD[[which(getWellIdsTecan(dat) == "F02")]])
	)
plot(fit, scaleX=1/(60*60), xlab="time (hours)")


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### code chunk number 5: attrex
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attributes(fit)[c(3,4,5,6)]


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### code chunk number 6: filemachinerunex
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mr_file = read.delim(file.path(examplePath,"machineRun.txt"))
mr_file


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### code chunk number 7: fileplatelayoutex
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pl_file = read.delim(file.path(examplePath,"plateLayout.txt"))
head(pl_file)


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### code chunk number 8: plateplot2ex
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well = wellDataFrame(
		file.path(examplePath,"plateLayout.txt"),
		file.path(examplePath,"machineRun.txt")
		)
plot(well,labelColumn="strain",scaleX=1/3600,xlab="time in hours")


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### code chunk number 9: fitmultipleex
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fits <- fitCellGrowths(well)


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### code chunk number 10: fitmultipleexhead
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head(fits)


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### code chunk number 11: bandwidthex
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## Not run:
#	bw <- bandwidthCV(
#		well,
#		bandwidths=seq(0.5*3600,10*3600, length.out=30)
#	)
## End(Not run)


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### code chunk number 12: toolowbwex
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fit_small = fitCellGrowth(
	x=dat$time,
	z=log2(dat$OD[[which(getWellIdsTecan(dat) == "E09")]]),
	locfit.h=1800
	)
plot(fit_small)


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### code chunk number 13: rightbwex
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fit_big = fitCellGrowth(
	x=dat$time,
	z=log2(dat$OD[[which(getWellIdsTecan(dat) == "E09")]]),
	locfit.h=24000
	)
plot(fit_big)


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### code chunk number 14: owndataex
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own_file = read.delim(file.path(examplePath,"customDataFormat.txt"))
head(own_file)
x = own_file[[1]]
z = own_file[[2]]
fit = fitCellGrowth(x,z)
attr(fit,"maxGrowth")
attr(fit,"pointOfMaxGrowth")