casper.R
In casper: Characterization of Alternative Splicing based on Paired-End Reads

### R code from vignette source 'casper.Rnw'

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### code chunk number 1: process1
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library(casper)
data(K562.r1l1)
names(K562.r1l1)
data(hg19DB)
hg19DB
head(sapply(hg19DB@transcripts,length))


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### code chunk number 2: process2
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bam0 <- rmShortInserts(K562.r1l1, isizeMin=100)
distrs <- getDistrs(hg19DB,bam=bam0,readLength=75)


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### code chunk number 3: plotprocess1
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plot(distrs, "fragLength")


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### code chunk number 4: plotprocess2
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plot(distrs, "readSt")


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### code chunk number 5: plotprocess1
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plot(distrs, "fragLength")


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### code chunk number 6: plotprocess2
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plot(distrs, "readSt")


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### code chunk number 7: procBam
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pbam0 <- procBam(bam0)
pbam0
head(getReads(pbam0))


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### code chunk number 8: pathCounts
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pc <- pathCounts(pbam0, DB=hg19DB)
pc
head(pc@counts[[1]])


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### code chunk number 9: calcExp
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eset <- calcExp(distrs=distrs, genomeDB=hg19DB, pc=pc, readLength=75, rpkm=FALSE)
eset
head(exprs(eset))
head(fData(eset))


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### code chunk number 10: relIsoformExpr
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eset <- calcExp(distrs=distrs, genomeDB=hg19DB, pc=pc, readLength=75, rpkm=TRUE)
head(exprs(eset))


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### code chunk number 11: plot1
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transcripts(hg19DB)
tx <- transcripts(hg19DB, txid='NM_005158')
tx
getChr(txid='NM_005158',genomeDB=hg19DB)
islandid <- getIsland(txid='NM_005158',genomeDB=hg19DB)
islandid
transcripts(hg19DB, islandid=islandid)
getChr(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB)


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### code chunk number 12: plot2
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genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB)


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### code chunk number 13: plot2
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genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB)


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### code chunk number 14: plot3
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genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB,reads=pbam0,exp=eset)


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### code chunk number 15: plot3
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genePlot(islandid=islandid,genomeDB=hg19DB,reads=pbam0,exp=eset)