query.R
In annotate: Annotation for microarrays

### R code from vignette source 'query.Rnw'

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### code chunk number 1: data
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library("annotate")
data(sample.ExpressionSet)
affys <- featureNames(sample.ExpressionSet)[490:500]
affys


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### code chunk number 2: annotation
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library("hgu95av2.db")
ids <- getPMID(affys,"hgu95av2")
ids <- unlist(ids,use.names=FALSE)
ids <- unique(ids[!is.na(as.numeric(ids))])
length(ids)
ids[1:10]


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### code chunk number 3: getabsts
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x <- pubmed(ids[1:10])
a <- xmlRoot(x)
numAbst <- length(xmlChildren(a))
numAbst


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### code chunk number 4: query.Rnw:170-179
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arts <- vector("list", length=numAbst)
absts <- rep(NA, numAbst)
for (i in 1:numAbst) {
   ## Generate the PubMedAbst object for this abstract
   arts[[i]] <- buildPubMedAbst(a[[i]])
   ## Retrieve the abstract text for this abstract
   absts[i] <- abstText(arts[[i]])
}
arts[[7]]


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### code chunk number 5: query.Rnw:203-206
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found <- grep("cDNA",absts)
goodAbsts <- arts[found]
length(goodAbsts)


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### code chunk number 6: query.Rnw:222-224
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y <- genbank(ids[1:10], type="uid")
b <- xmlRoot(y)


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### code chunk number 7: abst2HTML
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fname <- tempfile()
pmAbst2HTML(goodAbsts, filename=fname)

fnameBase <- tempfile()
pmAbst2HTML(goodAbsts, filename=fnameBase, frames=TRUE)


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### code chunk number 8: query.Rnw:267-268
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sessionInfo()