Nothing
### R code from vignette source 'QualityAssess.Rnw'
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### code chunk number 1: loadPackage
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library(affyPLM)
options(width=40)
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### code chunk number 2: loadData
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require(affydata)
data(Dilution) # an example dataset provided by the affydata package
#FIXME:remove the next line
Dilution = updateObject(Dilution)
Pset <- fitPLM(Dilution)
###################################################
### code chunk number 3: weightsImageShow (eval = FALSE)
###################################################
## image(Pset,which=2)
###################################################
### code chunk number 4: weightsImageDo
###################################################
png("Quality-weightimage1a.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2)
dev.off()
###################################################
### code chunk number 5: weightscolorImageShow (eval = FALSE)
###################################################
## image(Pset,which=2,col=gray(0:25/25),add.legend=TRUE)
## image(Pset,which=2,col=gray(25:0/25),add.legend=TRUE)
###################################################
### code chunk number 6: weightscolorImageDo
###################################################
png("Quality-weightimage2a.png",height=8,width=8,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2,col=gray(0:25/25),add.legend=T)
dev.off()
png("Quality-weightimage2b.png",height=8,width=8,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2,col=gray(25:0/25),add.legend=T)
dev.off()
###################################################
### code chunk number 7: residualImageShow (eval = FALSE)
###################################################
## image(Pset,which=2, type="resids")
## image(Pset,which=2, type="pos.resids")
## image(Pset,which=2, type="neg.resids")
## image(Pset,which=2, type="sign.resids")
###################################################
### code chunk number 8: residualImageDo
###################################################
png("Quality-residualimages1.png",height=4,width=4,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2, type="resids")
dev.off()
png("Quality-residualimages2.png",height=4,width=4,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2, type="pos.resids")
dev.off()
png("Quality-residualimages3.png",height=4,width=4,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2, type="neg.resids")
dev.off()
png("Quality-residualimages4.png",height=4,width=4,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2, type="sign.resids")
dev.off()
###################################################
### code chunk number 9: residualcolorImageShow (eval = FALSE)
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## image(Pset,which=2,type="resids",col=pseudoPalette(low="darkgreen",high="magenta",mid="lightgrey"),add.legend=TRUE)
## image(Pset,which=2,type="pos.resids",col=pseudoPalette(low="yellow",high="darkblue"),add.legend=TRUE)
###################################################
### code chunk number 10: residualcolorImageDo
###################################################
png("Quality-residualimages5.png",height=8,width=8,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2,type="resids",col=pseudoPalette(low="darkgreen",high="magenta",mid="lightgrey"),add.legend=TRUE)
dev.off()
png("Quality-residualimages6.png",height=8,width=8,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
image(Pset,which=2,type="pos.resids",col=pseudoPalette(low="yellow",high="darkblue"),add.legend=TRUE)
dev.off()
###################################################
### code chunk number 11: RLEShow (eval = FALSE)
###################################################
## RLE(Pset,main="RLE for Dilution dataset")
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### code chunk number 12: RLEDo
###################################################
png("Quality-RLE.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
RLE(Pset,main="RLE for Dilution dataset")
dev.off()
###################################################
### code chunk number 13: rleStat
###################################################
RLE(Pset,type="stats")
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### code chunk number 14: NUSEShow (eval = FALSE)
###################################################
## NUSE(Pset,main="NUSE for Dilution dataset")
###################################################
### code chunk number 15: NUSEDo
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png("Quality-NUSE.png",height=4,width=4,pointsize=10,res=300,units="in")
par(mar=c(2.0,2.1,1.6,1.1),oma=c(1,1,0,0))
NUSE(Pset,main="NUSE for Dilution dataset")
dev.off()
###################################################
### code chunk number 16: nuseStat
###################################################
NUSE(Pset,type="stats")
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### code chunk number 17: QualityAssess.Rnw:250-252
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## give ghostscript on Windows a few seconds to catch up (UGLY HACK)
Sys.sleep(10)
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.