HowTo-FlowRepositoryR.R
In FlowRepositoryR: FlowRepository R Interface

### R code from vignette source 'HowTo-FlowRepositoryR.Rnw'

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### code chunk number 1: LoadPackage
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library(FlowRepositoryR)


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### code chunk number 2: ListDatasets
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dataSets <- flowRep.ls()
## We will only show a maximum of 10 identifiers so that we don't
## clutter the vignette
dataSets[1:min(10, length(dataSets))]


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### code chunk number 3: SearchDatasets
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flowRep.search("OMIP-016")


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### code chunk number 4: GetDataset
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## FR-FCM-ZZJ7 is a purposely picked dataset that is public and very
## small for the unit tests and the vignette and man pages to compile 
## quickly. Also, FlowRepository is not tracking the downloads of this 
## particular dataset since the stats would be based mainly on these 
## automated downloads.
ds <- flowRep.get("FR-FCM-ZZJ7")
summary(ds)


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### code chunk number 5: DownloadData
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ds <- download(ds)
summary(ds)


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### code chunk number 6: WhereIsMyFile
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localpath(fcs.files(ds)[[1]])


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### code chunk number 7: WhereAreMyFCSFiles
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unlist(lapply(fcs.files(ds), function(x) paste(localpath(x))))


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### code chunk number 8: WhereAreMyAttachments
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unlist(lapply(attachments(ds), function(x) paste(localpath(x))))


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### code chunk number 9: setFlowRepositoryCredentials
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setFlowRepositoryCredentials(email="boo@gmail.com", password="foo123456")


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### code chunk number 10: forgetFlowRepositoryCredentials
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forgetFlowRepositoryCredentials()


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### code chunk number 11: DownloadDataPartially
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myDataset <- flowRep.get("FR-FCM-ZZJ7")
summary(myDataset)

## And download a single attachment file
at1 <- download(attachments(myDataset)[[1]])
localpath(at1)
summary(at1)

## A single FCS file proxy can be downloaded
fcs1 <- download(fcs.files(myDataset)[[1]])
localpath(fcs1)
summary(fcs1)