inst/doc/Clonal_decomposition_by_Clomial.R

In Clomial: Infers clonal composition of a tumor

### R code from vignette source 'Clonal_decomposition_by_Clomial.Rnw'

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### code chunk number 1: example
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library(Clomial)
set.seed(1)
data(breastCancer)
Dc <- breastCancer$Dc
Dt <- breastCancer$Dt
Clomial2 <-Clomial(Dc=Dc,Dt=Dt,maxIt=20,C=4,binomTryNum=2)


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### code chunk number 2: model1
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model1 <- Clomial2$models[[1]]
## The clonal frequencies:
round(model1$P,digits=2)
## Similarly, the genotypes is given by round(model1$Mu).


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### code chunk number 3: model1
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data(Clomial1000)
models <- Clomial1000$models
## Number of trained models:
length(models)


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### code chunk number 4: model1
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chosen <- choose.best(models=models, doTalk=TRUE)
M1 <- chosen$bestModel
print("Genotypes according to the best model:")
round(M1$Mu)
print("Clone frequencies in the first sample:")
round(M1$P[,1],digits=2)