Biostrings2Classes.R
In Biostrings: Efficient manipulation of biological strings

### R code from vignette source 'Biostrings2Classes.Rnw'

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### code chunk number 1: a1
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library(Biostrings)
b <- BString("I am a BString object")
b
length(b)


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### code chunk number 2: a2
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d <- DNAString("TTGAAAA-CTC-N")
d
length(d)


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### code chunk number 3: a3
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d[3]
d[7:12]
d[]
b[length(b):1]


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### code chunk number 4: a4
###################################################
bb <- subseq(b, 3, 6)
dd1 <- subseq(d, end=7)
dd2 <- subseq(d, start=8)


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### code chunk number 5: a5
###################################################
toString(dd2)


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### code chunk number 6: b1
###################################################
bb == "am a"
dd2 != DNAString("TG")


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### code chunk number 7: b2
###################################################
cat('> bb == ""')
cat('> d == bb')


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### code chunk number 8: b3
###################################################
r <- RNAString(d)
r
r == d


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### code chunk number 9: c1
###################################################
v4 <- Views(dd2, start=3:0, end=5:8)
v4
length(v4)


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### code chunk number 10: c3
###################################################
v4[4:2]


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### code chunk number 11: c4
###################################################
v4[[2]]


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### code chunk number 12: c6
###################################################
cat('> v4[[3]]')
cat(try(v4[[3]], silent=TRUE))


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### code chunk number 13: c7
###################################################
v4[-3]
v4[c(TRUE, FALSE)]


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### code chunk number 14: d1
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v12 <- Views(DNAString("TAATAATG"), start=-2:9, end=0:11)


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### code chunk number 15: d2
###################################################
as(d, "Views")


###################################################
### code chunk number 16: d3
###################################################
as(d, "Views")[[1]]


###################################################
### code chunk number 17: d4
###################################################
v12[0]
v12[FALSE]
Views(d)


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### code chunk number 18: e1
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v12 == DNAString("TAA")


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### code chunk number 19: e2
###################################################
v12[v12 == v12[4]]
v12[v12 == v12[1]]


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### code chunk number 20: e2
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v12[3] == Views(RNAString("AU"), start=0, end=2)


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### code chunk number 21: f1
###################################################
start(v4)
end(v4)
width(v4)