In vguillemot/tidyViz: Package pour l'introduction à la visualisation en R

library(learnr)
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(tidyViz)
library(ggplot2)
library(gggenes)
library(trackViewer)
data("methy")
data("gr")
data("features")

Ce tutoriel est vraiment beaucoup plus rapide que les précédents : il s'agit juste de montrer comment utiliser les fonctions de base des packages gggenes et trackViewer sur les exemples fournis par les auteurs.

Représentation de gènes

Les fonctions de base du package gggenes permettent de représenter des informations le long d'un génome, en reprenant la syntaxe de ggplot2.

ggplot(example_genes,
       aes(xmin = start,
           xmax = end,
           y = molecule,
           fill = gene)) +
  geom_gene_arrow() +
  facet_wrap( ~ molecule, 
              scales = "free", 
              ncol = 1) +
  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +
  theme_genes()

Représentation en pissenlit

La représentation en pissenlit (dandelion en anglais, c'est plus joli !) permet de représenter des données ponctuelles et complexes le long d'un génome.

dandelion.plot(methy, features, ranges=gr)

vguillemot/tidyViz documentation built on Dec. 23, 2021, 3:09 p.m.