demo/DataCollection.R

In professorbeautiful/IdMappingRetrieval: ID Mapping Data Retrieval

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#retrieve all IdMap's from various services
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library(IdMappingRetrieval);

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# setup verbosity level and DB keys
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verbose=TRUE;
primaryKey="Uniprot";
secondaryKey="Affy";

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# data retrieval from annotation services
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#init annotation DB
IdMappingAnnotationData.root<-Annotation$init(verbose=verbose);

#init Affymetrix service
AnnotationAffx$setCredentials(user="alex.lisovich@gmail.com",password="125438",verbose);

#retrieve data from various services
idMapList<-ServiceManager$getIdMapList(primaryKey=primaryKey,secondaryKey=secondaryKey,verbose=TRUE);