inst/doc/data-input-vignette.R

In NikNakk/snpStats: SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods

### R code from vignette source 'data-input-vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: lib
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require(snpStats)


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### code chunk number 2: sysfile
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pedfile <- system.file("extdata/sample.ped.gz", package="snpStats")
pedfile
infofile <- system.file("extdata/sample.info", package="snpStats")


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### code chunk number 3: redpedfile
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sample <- read.pedfile(pedfile, snps=infofile)


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### code chunk number 4: sample1
###################################################
sample$genotypes
col.summary(sample$genotypes)$MAF
head(col.summary(sample$genotypes))


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### code chunk number 5: sample2
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head(sample$fam)


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### code chunk number 6: sample3
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head(sample$map)


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### code chunk number 7: plink
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fam <- system.file("extdata/sample.fam", package="snpStats")
bim <- system.file("extdata/sample.bim", package="snpStats")
bed <- system.file("extdata/sample.bed", package="snpStats")
sample <- read.plink(bed, bim, fam)


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### code chunk number 8: plinkout
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sample$genotypes
col.summary(sample$genotypes)$MAF
head(sample$fam)
head(sample$map)


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### code chunk number 9: plinkselect
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subset <- read.plink(bed, bim, fam, select.snps=6:10)
subset$genotypes
col.summary(subset$genotypes)$MAF
subset$map


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### code chunk number 10: longfile
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longfile <- system.file("extdata/sample-long.gz", package="snpStats")
longfile


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### code chunk number 11: longlist
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cat(readLines(longfile, 5), sep="\n")


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### code chunk number 12: readlong
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gdata <- read.long(longfile, 
   fields=c(snp=1, sample=2, genotype=3, confidence=4),
   gcodes=c("1", "2", "3"), 
   threshold=0.95)
gdata
summary(gdata)


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### code chunk number 13: readlongallele
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allelesfile <- system.file("extdata/sample-long-alleles.gz", package="snpStats")
cat(readLines(allelesfile, 5), sep="\n")
gdata <- read.long(allelesfile, 
   fields=c(snp=1, sample=2, allele.A=3, allele.B=4, confidence=5),
   threshold=0.95)
gdata
gdata$genotypes
gdata$alleles