demo/targets.R

In rtracklayer: R interface to genome annotation files and the UCSC genome browser

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### chunk number 1: rtl-init
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library(rtracklayer)
data(targets)

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### chunk number 2: rtl-miRNA-track
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targetTrack <- makeGRangesFromDataFrame(targets,
                   keep.extra.columns=TRUE)


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### chunk number 3: rtl-export eval=FALSE
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## export(targetTrack, "targets.wig")


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### chunk number 4: rtl-ucsc-start
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session <- browserSession()
genome(session) <- "hg18"


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### chunk number 5: rtl-ucsc-lay
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session$targets <- targetTrack


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### chunk number 6: rtl-ucsc-view eval=FALSE
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top <- targetTrack$target == targets$target[1]
range <- targetTrack[top,] * -10
view <- browserView(session, range,
                    hide = c("refGene", "mgcFullMrna", "intronEst"),
                    dense = "knownGene", squish = "cons44way")