roar.R
In roar: Identify differential APA usage from RNA-seq alignments

### R code from vignette source 'roar.Rnw'

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### code chunk number 1: loadLibAndCreateRoarObject
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library(roar)
library(rtracklayer)
library(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14)
gtf <- system.file("examples", "apa.gtf", package="roar")
# HNRNPC ko data
bamTreatment <- RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14_BAMFILES[seq(5,8)]
# control (HeLa wt)
bamControl <- RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14_BAMFILES[seq(1,3)]
rds <- RoarDatasetFromFiles(bamTreatment, bamControl, gtf)


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### code chunk number 2: countReads
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rds <- countPrePost(rds, FALSE)


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### code chunk number 3: computeRoars
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rds <- computeRoars(rds)


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### code chunk number 4: computePvals
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rds <- computePvals(rds)


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### code chunk number 5: getResults
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results <- totalResults(rds)


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### code chunk number 6: getFilteredResults
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results_filtered <- pvalueFilter(rds, fpkmCutoff=-Inf, 
                                 pvalCutoff=0.05)
nrow(results_filtered[results_filtered$nUnderCutoff==12,])