rRDP.R
In rRDP: Interface to the RDP Classifier

### R code from vignette source 'rRDP.Rnw'

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### code chunk number 1: rRDP.Rnw:119-122
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options(width = 70, prompt="R> ", digits=4)
### for sampling
set.seed(1234)


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### code chunk number 2: rRDP.Rnw:137-142
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library(rRDP)

seq <- readRNAStringSet(system.file("examples/RNA_example.fasta",
        package="rRDP"))
seq


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### code chunk number 3: rRDP.Rnw:149-153
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annotation <- names(seq)

names(seq) <-  sapply(strsplit(names(seq), " "), "[", 1)
seq


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### code chunk number 4: rRDP.Rnw:159-161
###################################################
pred <- predict(rdp(), seq)
pred


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### code chunk number 5: rRDP.Rnw:165-166
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attr(pred, "confidence")


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### code chunk number 6: rRDP.Rnw:174-176
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actual <- decode_Greengenes(annotation)
actual


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### code chunk number 7: rRDP.Rnw:182-184
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confusionTable(actual, pred, rank="genus")
accuracy(actual, pred, rank="genus")


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### code chunk number 8: rRDP.Rnw:191-194
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trainingSequences <- readDNAStringSet(
    system.file("examples/trainingSequences.fasta", package="rRDP"))
trainingSequences


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### code chunk number 9: rRDP.Rnw:206-207
###################################################
sprintf(names(trainingSequences[1]), fmt="%.65s...")


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### code chunk number 10: rRDP.Rnw:213-215
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customRDP <- trainRDP(trainingSequences, dir = "myRDP")
customRDP


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### code chunk number 11: rRDP.Rnw:218-222
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testSequences <- readDNAStringSet(
    system.file("examples/testSequences.fasta", package="rRDP"))
pred <- predict(customRDP, testSequences)
pred


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### code chunk number 12: rRDP.Rnw:228-229
###################################################
customRDP <- rdp(dir = "myRDP")


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### code chunk number 13: rRDP.Rnw:234-235
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removeRDP(customRDP)