pvac.R
In pvac: PCA-based gene filtering for Affymetrix arrays

### R code from vignette source 'pvac.Rnw'

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### code chunk number 1: install (eval = FALSE)
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##   if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
##       install.packages("BiocManager")
##   BiocManager::install("pvac")


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### code chunk number 2: steps (eval = FALSE)
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##   library(affy)
##   abatch <- ReadAffy(celfile.path="/my/directory/celfiles")


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### code chunk number 3: steps (eval = FALSE)
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##   myeset <- rma(abatch)


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### code chunk number 4: steps (eval = FALSE)
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##   library(pvac)
##   ft <- pvacFilter(abatch)
##   myeset <- eset[ft$aset,]


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### code chunk number 5: <steps (eval = FALSE)
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##   library(genefilter)
##   myres  = rowttests(exprs(myeset), as.factor(group))


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### code chunk number 6: example
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library(affy)
library(pvac)
library(ALLMLL)
data(MLL.A)
myeset <- rma(MLL.A)
ft <- pvacFilter(MLL.A)
myeset.filtered <- myeset[ft$aset,]


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### code chunk number 7: plot (eval = FALSE)
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## plot(density(ft$pvac[ft$nullset]),xlab="PVAC score",main="",
##           col="gray",cex.lab=0.5,xlim=c(0,1))
## lines(density(ft$pvac),col=1)
## abline(v=ft$cutoff,lty=2,col="gray")


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### code chunk number 8: <
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  print(sessionInfo())