plethy.R
In plethy: R framework for exploration and analysis of respirometry data

### R code from vignette source 'plethy.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: plethy.Rnw:32-33
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stopifnot(require(plethy))


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### code chunk number 3: plethy.Rnw:36-42
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file.name <- buxco.sample.data.path()
chunk.size <- 500
db.name <-  file.path(tempdir(), "bux_test.db")

parse.buxco(file.name=file.name, chunk.size=chunk.size, db.name=db.name, verbose=FALSE)



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### code chunk number 4: plethy.Rnw:46-53
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bux.db <- makeBuxcoDB(db.name=db.name)

samples(bux.db)
variables(bux.db)
tables(bux.db)



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### code chunk number 5: plethy.Rnw:57-62
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data.1 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_1", variables="Penh")

head(data.1)



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### code chunk number 6: plethy.Rnw:66-73
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data.2 <- retrieveData(bux.db, samples=c("8034x13140_1", "8034x13140_10"), variables=c("Penh", "f"))

head(data.2)

table(data.1$Sample_Name, data.1$Variable_Name)



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### code chunk number 7: plethy.Rnw:77-81
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addAnnotation(bux.db, query=day.infer.query, index=FALSE)
addAnnotation(bux.db, query=break.type.query, index=TRUE)



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### code chunk number 8: plethy.Rnw:85-89
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annoCols(bux.db)
annoLevels(bux.db)



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### code chunk number 9: plethy.Rnw:93-97
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data.3 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh")

with(data.3, table(Days, Break_type_label))



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### code chunk number 10: plethy.Rnw:101-110
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data.4 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh", Days = 0)

with(data.4, table(Days, Break_type_label))

data.5 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh", Days = 0, 
	Break_type_label = 'EXP')

with(data.5, table(Days, Break_type_label))



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### code chunk number 11: plethy.Rnw:115-122
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exp.penh <- retrieveData(bux.db, variables="Penh", Break_type_label = 'EXP')

head(exp.penh)

boxplot(Value~Sample_Name, data=exp.penh)



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### code chunk number 12: plethy.Rnw:125-129
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plot(Value~Break_sec_start, data=exp.penh, subset=Sample_Name=="8034x13140_5", type="l", 
	xlab="Seconds past start")