inst/doc/mitoODE-introduction.R

In mitoODE: Implementation of the differential equation model described in "Dynamical modelling of phenotypes in a genome-wide RNAi live-cell imaging assay"

### R code from vignette source 'mitoODE-introduction.Rnw'

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### code chunk number 1: mitoODE-introduction.Rnw:159-160
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options(width=80)


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### code chunk number 2: plotspot
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library("mitoODE")
spotid <- 1000
plotspot(spotid)
y <- readspot(spotid)
y[1:5,]


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### code chunk number 3: pconst
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pconst <- c(g.kim=0.025, g.kmi=0.57, g.mit0=0.05, p.lambda=4)


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### code chunk number 4: <p0
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p0 <- getp0()
p0


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### code chunk number 5: <p0
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pp1 <- fitmodel(y, p0, pconst)
round(pp1, 2)


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### code chunk number 6: plotfit
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plotfit(spotid, pp1)


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### code chunk number 7: <fitmodel4
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set.seed(1)
pp2 <- fitmodel(y, p0, pconst, nfits=4, sd=0.1)
round(pp2, 2)


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### code chunk number 8: plotfigures
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loadFittedData()
figure1()
figure2()
figure3a()
figure3b()
figure4()