mgsa.R
In mgsa: Model-based gene set analysis

### R code from vignette source 'mgsa.Rnw'

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### code chunk number 1: set_width
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options( width = 80 )


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### code chunk number 2: loadex
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library(mgsa)
data("example")
example_go
example_o


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### code chunk number 3: fitex
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set.seed(0)
fit = mgsa(example_o, example_go)
fit


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### code chunk number 4: plotex
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plot(fit)


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### code chunk number 5: setsResults
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res = setsResults(fit)
subset(res, estimate > 0.5)


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### code chunk number 6: readGAF
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readGAF(
	system.file(
		"example_files/gene_association_head.sgd",
		package="mgsa"
	)
)


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### code chunk number 7: mgsa_custom_set
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mgsa( c("A", "B"), list(set1=LETTERS[1:3], set2=LETTERS[2:5]) ) 


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### code chunk number 8: mgsa_custom_set
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myset = new( "MgsaSets", sets=list(set1=LETTERS[1:3], set2=LETTERS[2:5]) )
mgsa(c("A", "B"), myset)
mgsa(c("B", "C"), myset)