inst/doc/geneRecommender.R

In geneRecommender: A gene recommender algorithm to identify genes coexpressed with a query set of genes

### R code from vignette source 'geneRecommender.Rnw'

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### code chunk number 1: geneRecommender.Rnw:53-58
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library(geneRecommender)
data(geneData)
my.query <- c("31613_at", "31712_at", "31497_at")
normalized.data <- gr.normalize(geneData)
gr.main(normalized.data, my.query, ngenes = 10)


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### code chunk number 2: geneRecommender.Rnw:77-78
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gr.cv(normalized.data, my.query)


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### code chunk number 3: geneRecommender.Rnw:108-110
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normal.normalized.data <- qnorm((normalized.data + 1)/2)
gr.main(normal.normalized.data, my.query, ngenes = 10)


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### code chunk number 4: geneRecommender.Rnw:127-131
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my.fun.1 <- function(input.vector){
  sum(input.vector^(1/2), na.rm = T)
}
gr.main(normalized.data, my.query, ngenes = 10, fun = my.fun.1)


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### code chunk number 5: geneRecommender.Rnw:144-148
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my.fun.2 <- function(input.vector){
  1
}
gr.main(normalized.data, my.query, ngenes = 10, fun = my.fun.2)


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### code chunk number 6: geneRecommender.Rnw:158-160
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options(digits = 2)
gr.main(normalized.data, my.query, ngenes = 10, extra = T)


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### code chunk number 7: geneRecommender.Rnw:200-201
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toLatex(sessionInfo())