bgx.R
In bgx: Bayesian Gene eXpression

### R code from vignette source 'bgx.Rnw'

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### code chunk number 1: bgx.Rnw:35-36
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library(bgx)


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### code chunk number 2: bgx.Rnw:61-65
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library(affydata)
library(hgu95av2cdf)
data(Dilution)
eset <- bgx(Dilution, samplesets=c(2,2), probeAff=FALSE, burnin=2048, iter=8192,genes=c(12500:12599), output="all")


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### code chunk number 3: bgx.Rnw:70-71
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exprs(eset)[10:40,] # Shorthand for assayData(eset)\$exprs[10:40,]


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### code chunk number 4: bgx.Rnw:78-79
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sampleNames(Dilution)


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### code chunk number 5: bgx.Rnw:102-103
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bgxOutput <- readOutput.bgx("run.1")


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### code chunk number 6: bgx.Rnw:108-109
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plotExpressionDensity(bgxOutput, gene=10)


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### code chunk number 7: bgx.Rnw:114-116
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rankedGeneList <- rankByDE(bgxOutput)
print(rankedGeneList[1:25,]) # print top 25 DEG


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### code chunk number 8: bgx.Rnw:121-122
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unlink("run.1", recursive=TRUE)