inst/doc/betr.R

In betr: Identify differentially expressed genes in microarray time-course data

### R code from vignette source 'betr.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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options(width=60)
options(continue=" ")
options(prompt="R> ")


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### code chunk number 2: loadData
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library(betr)
library(Biobase)
data("timeEset")
pData(timeEset)[1:15,]


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### code chunk number 3: runBETR
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prob <- betr(eset=timeEset, cond=pData(timeEset)$strain, 
    timepoint=pData(timeEset)$time, replicate=pData(timeEset)$rep, alpha=0.05)
head(prob)    


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### code chunk number 4: betr.Rnw:76-77
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sessionInfo()