inst/doc/affyPara.R

In affyPara: Parallelized preprocessing methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays

### R code from vignette source 'affyPara.Rnw'

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### code chunk number 1: affyPara.Rnw:59-60
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library(affyPara)


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### code chunk number 2: affyPara.Rnw:117-118
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library(affyPara)


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### code chunk number 3: affyPara.Rnw:122-125
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library(affydata)
data(Dilution)
Dilution


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### code chunk number 4: affyPara.Rnw:139-140
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cl <- makeCluster(4, type='SOCK')


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### code chunk number 5: stopCluster
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stopCluster(cl)


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### code chunk number 6: makeCluster
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cl <- makeCluster(2, type='SOCK')


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### code chunk number 7: ReadAffy (eval = FALSE)
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## AffyBatch <- ReadAffy()


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### code chunk number 8: BGmethods
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bgcorrect.methods()


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### code chunk number 9: affyBatchBGC (eval = FALSE)
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## affyBatchBGC <- bgCorrectPara(Dilution,
## 				method="rma", verbose=TRUE)


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### code chunk number 10: affyBatchBGCfiles (eval = FALSE)
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## files <- list.celfiles(full.names=TRUE)
## affyBatchGBC <- bgCorrectPara(files, 
## 				method="rma", cluster=cl)


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### code chunk number 11: affyBatchNORM (eval = FALSE)
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## affyBatchNORM <- normalizeAffyBatchQuantilesPara(
## 		Dilution, type = "pmonly", verbose=TRUE)


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### code chunk number 12: affyBatchGBCfiles (eval = FALSE)
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## files <- list.celfiles(full.names=TRUE)
## affyBatchNORM <- normalizeAffyBatchQuantilesPara(
## 		files, type = "pmonly")


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### code chunk number 13: affyPara.Rnw:290-292
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express.summary.stat.methods()
pmcorrect.methods()


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### code chunk number 14: computeExprSetPara (eval = FALSE)
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## esset <- computeExprSetPara(
## 	Dilution,
## 	pmcorrect.method = "pmonly",
## 	summary.method = "avgdiff")


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### code chunk number 15: computeExprSetParafiles (eval = FALSE)
###################################################
## files <- list.celfiles(full.names=TRUE)
## esset <- normalizeAffyBatchQuantilesPara(
## 	files, 
## 	pmcorrect.method = "pmonly",
## 	summary.method = "avgdiff")


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### code chunk number 16: preproPara (eval = FALSE)
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## esset <- preproPara(
## 	Dilution, 
## 	bgcorrect = TRUE, bgcorrect.method = "rma",
## 	normalize = TRUE, normalize.method = "quantil",
## 	pmcorrect.method = "pmonly",
## 	summary.method = "avgdiff")


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### code chunk number 17: preproParafiles (eval = FALSE)
###################################################
## files <- list.celfiles(full.names=TRUE)
## esset <- preproPara(
## 	files, 
## 	bgcorrect = TRUE, bgcorrect.method = "rma",
## 	normalize = TRUE, normalize.method = "quantil",
## 	pmcorrect.method = "pmonly",
## 	summary.method = "avgdiff")


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### code chunk number 18: rmaPara (eval = FALSE)
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## esset <- rmaPara(Dilution)


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### code chunk number 19: rmaParaFiles (eval = FALSE)
###################################################
## files <- list.celfiles(full.names=TRUE)
## esset <- rmaPara(files)


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### code chunk number 20: qc (eval = FALSE)
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## boxplotPara(Dilution)
## MAplotPara(Dilution)


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### code chunk number 21: distributeFiles (eval = FALSE)
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## path <- "tmp/CELfiles" # path at local computer system (master)
## files <- list.files(path,full.names=TRUE)
## distList <- distributeFiles(CELfiles, protocol="RCP")
## eset <- rmaPara(distList$CELfiles)


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### code chunk number 22: removeDistributedFiles (eval = FALSE)
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## removeDistributedFiles("/usr1/tmp/CELfiles")


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### code chunk number 23: identical_bgc (eval = FALSE)
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## affybatch1 <- bg.correct(Dilution,
## 		method="rma") 
##  affybatch2 <- bgCorrectPara(Dilution,
## 		method="rma")
## identical(exprs(affybatch1),exprs(affybatch2))
## all.equal(exprs(affybatch1),exprs(affybatch2))


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### code chunk number 24: identical_loess (eval = FALSE)
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## set.seed(1234)
## affybatch1 <- normalize.AffyBatch.loess(Dilution)
## set.seed(1234)
## affybatch2 <- normalizeAffyBatchLoessPara(Dilution, verbose=TRUE) 
## identical(exprs(affybatch1),exprs(affybatch2))


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### code chunk number 25: affyPara.Rnw:505-506
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stopCluster()