Rtreemix.R
In Rtreemix: Rtreemix: Mutagenetic trees mixture models.

### R code from vignette source 'Rtreemix.Rnw'

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### code chunk number 1: Rtreemix.Rnw:33-34
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options(width = 70)


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### code chunk number 2: Rtreemix.Rnw:76-77
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library(Rtreemix)


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### code chunk number 3: Rtreemix.Rnw:87-89
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data(hiv.data)
show(hiv.data) ## show the RtreemixData object


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### code chunk number 4: Rtreemix.Rnw:94-96
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ex.data <- new("RtreemixData", File = paste(path.package(package = "Rtreemix"), "/examples/treemix.pat", sep = ""))
show(ex.data) ## show the RtreemixData object


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### code chunk number 5: Rtreemix.Rnw:99-102
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bin.mat <- cbind(c(1, 0, 0, 1, 1), c(0, 1, 0, 0, 1), c(1, 1, 0, 1, 0))
toy.data <- new("RtreemixData", Sample = bin.mat)
show(toy.data)


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### code chunk number 6: Rtreemix.Rnw:105-110
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Sample(hiv.data)
Events(hiv.data)
Patients(hiv.data)
eventsNum(hiv.data)
sampleSize(hiv.data)


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### code chunk number 7: Rtreemix.Rnw:116-118
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mod <- fit(data = hiv.data, K = 2, equal.edgeweights = TRUE, noise = TRUE)
show(mod)


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### code chunk number 8: Rtreemix.Rnw:124-125
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plot(mod, fontSize = 15)


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### code chunk number 9: Rtreemix.Rnw:132-133
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plot(mod, k=2, fontSize = 14)


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### code chunk number 10: Rtreemix.Rnw:137-143
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Weights(mod)
Trees(mod)
getTree(object = mod, k = 2) ## Get a specific tree component k
edgeData(getTree(object = mod, k = 2), attr = "weight") ## Conditional probabilities assigned to edges of the 2nd tree component
numTrees(mod)
getData(mod)


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### code chunk number 11: Rtreemix.Rnw:146-149
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Star(mod)
Resp(mod)
CompleteMat(mod)


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### code chunk number 12: Rtreemix.Rnw:152-154
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distr <- distribution(model = mod)
distr$probability


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### code chunk number 13: Rtreemix.Rnw:157-159
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rand.mod <- generate(K = 3, no.events = 9, noise.tree = TRUE, prob = c(0.2, 0.8))
show(rand.mod)


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### code chunk number 14: Rtreemix.Rnw:170-175
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mod.stat <- likelihoods(model = mod, data = hiv.data)
Model(mod.stat)
getData(mod.stat)
LogLikelihoods(mod.stat)
WLikelihoods(mod.stat)


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### code chunk number 15: Rtreemix.Rnw:179-180
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getResp(mod.stat)


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### code chunk number 16: Rtreemix.Rnw:186-188
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data <- sim(model = rand.mod, no.draws = 300)
show(data)