inst/doc/POST.R

In POST: Projection onto Orthogonal Space Testing for High Dimensional Data

### R code from vignette source 'POST.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=60)


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### code chunk number 2: Load POST package and data
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library(POST)
data(sampExprSet)
data(sampGeneSet)


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### code chunk number 3: POST logistic regression
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 test<-POSTglm(exprSet=sampExprSet,                         
               geneSet=sampGeneSet,                         
               lamda=0.95,                      
               seed=13,                        
               nboots=100,                      
               model='Group ~ ',   
               family=binomial(link = "logit")) 


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### code chunk number 4: Gene Level Result
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test


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### code chunk number 5: POST Cox proportional hazard regression
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 test2<-POSTcoxph(exprSet=sampExprSet,                         
               geneSet=sampGeneSet,                         
               lamda=0.95,                                            
               nboots=100,                      
               model="Surv(time, censor) ~ ",
               seed=13) 


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### code chunk number 6: Gene set result
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test2