MiChip.R
In MiChip: MiChip Parsing and Summarizing Functions

### R code from vignette source 'MiChip.Rnw'

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### code chunk number 1: loadLibary
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library(MiChip)


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### code chunk number 2: defaultRawData
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datadir <-system.file("extdata", package="MiChip")
defaultRawData <- parseRawData(datadir)


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### code chunk number 3: noe
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 noEmptiesDataSet <- removeUnwantedRows(defaultRawData, c("Empty"))


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### code chunk number 4: humanDataSet
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humanDataSet <- standardRemoveRows(defaultRawData)


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### code chunk number 5: flagCorrectDataSet
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 flagCorrectedDataSet <- correctForFlags(humanDataSet)


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### code chunk number 6: flagCorrectedDataSet
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flagCorrectedDataSet <- correctForFlags(humanDataSet, intensityCutoff = 50)


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### code chunk number 7: summedData
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summedData <- summarizeIntensitiesAsMedian(flagCorrectedDataSet,minSumlength = 0, madAdjust=FALSE)


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### code chunk number 8: plotIntensities
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plotIntensitiesScatter(exprs(summedData), NULL, "MiChipDemX", "SummarizedScatter")


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### code chunk number 9: boxplotSummed
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 boxplotData(exprs(summedData), "MiChipDemX", "Summarized")


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### code chunk number 10: mednormedData
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mednormedData <- normalizePerChipMedian(summedData)


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### code chunk number 11: outputAnnot
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outputAnnotatedDataMatrix(mednormedData, "MiChipDemo", "medNormedIntensity",  "exprs")


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### code chunk number 12: myNormedEset
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datadir <-system.file("extdata", package="MiChip")
 myNormedEset <- workedExampleMedianNormalize("NormedDemo", intensityCutoff = 50,datadir)