MantelCorrVignette.R
In MantelCorr: Compute Mantel Cluster Correlations

### R code from vignette source 'MantelCorrVignette.Rnw'

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### code chunk number 1: preliminaries
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library(MantelCorr)
data(GolubTrain)
dim(GolubTrain)
data <- GolubTrain


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### code chunk number 2: GetClusters
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kmeans.result <- GetClusters(data, 500, 100)


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### code chunk number 3: DistMatrices
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DistMatrices.result <- DistMatrices(data, kmeans.result$clusters)


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### code chunk number 4: MantelCorrs
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MantelCorrs.result <- MantelCorrs(DistMatrices.result$Dfull, DistMatrices.result$Dsubsets)


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### code chunk number 5: PermutationTest
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permuted.pval <- PermutationTest(DistMatrices.result$Dfull, DistMatrices.result$Dsubsets, 100, 38, 0.05)


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### code chunk number 6: ClusterList
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ClusterLists <- ClusterList(permuted.pval, kmeans.result$cluster.sizes, MantelCorrs.result)


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### code chunk number 7: ClusterGeneList
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ClusterGenes <- ClusterGeneList(kmeans.result$clusters, ClusterLists$SignificantClusters, data)