IVAS.R
In IVAS: Identification of genetic Variants affecting Alternative Splicing

### R code from vignette source 'IVAS.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)


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### code chunk number 2: loading IVAS package
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library(IVAS)


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### code chunk number 3: loading the expression data
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data(sampleexp)


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### code chunk number 4: loading the SNP data
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data(samplesnp)


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### code chunk number 5: loading the SNP position data
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data(samplesnplocus)


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### code chunk number 6: loading the txdb data
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sampleDB <- system.file("extdata","sampleDB", package="IVAS")
sample.Txdb <- loadDb(sampleDB)


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### code chunk number 7: Splicingfinder function
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ASdb <- Splicingfinder(GTFdb=sample.Txdb,calGene=NULL,Ncor=1,out.dir=NULL)
ASdb
head(slot(ASdb,"SplicingModel")$"ASS")


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### code chunk number 8: RatioFromFPKM function
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ASdb <- RatioFromFPKM(GTFdb=sample.Txdb,ASdb=ASdb,Total.expdata=sampleexp,
    CalIndex="ASS7",Ncor=1,out.dir=NULL)
ASdb
head(slot(ASdb,"Ratio")$"ASS")


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### code chunk number 9: sQTLsFinder function
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ASdb <- sQTLsFinder(ASdb=ASdb,Total.snpdata=samplesnp,
    Total.snplocus=samplesnplocus,method="lm",Ncor=1)
ASdb
head(slot(ASdb,"sQTLs")$"ASS")


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### code chunk number 10: Multi-threds function (eval = FALSE)
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## ASdb <- Splicingfinder(GTFdb=sample.Txdb,calGene=NULL,Ncor=4)
## ASdb <- RatioFromFPKM(GTFdb=sample.Txdb,ASdb=ASdb,Total.expdata=sampleexp,Ncor=4)
## ASdb <- sQTLsFinder(ASdb=ASdb,Total.snpdata=samplesnp,
##     Total.snplocus=samplesnplocus,method="lm",Ncor = 4)
## ASdb


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### code chunk number 11: saveBplot function
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saveBplot(ASdb=ASdb,Total.snpdata=samplesnp,Total.snplocus=samplesnplocus,
    CalIndex="ASS7",out.dir="./result")


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### code chunk number 12: sessionInfo
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sessionInfo()