inst/doc/DEDS.R

In DEDS: Differential Expression via Distance Summary for Microarray Data

### R code from vignette source 'DEDS.rnw'

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### code chunk number 1: loadaffy
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library(DEDS)
data(affySpikeIn) 


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### code chunk number 2: showaffy
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dim(affySpikeIn) 
affySpikeIn.L
spikedgene


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### code chunk number 3: dedsaffy
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deds.affy <- deds.stat.linkC(affySpikeIn, affySpikeIn.L, B=400, nsig=100) 


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### code chunk number 4: showdedsaffy
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topgenes(deds.affy, number=20, genelist=affySpikeIn.gnames)


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### code chunk number 5: pairsaffy (eval = FALSE)
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## pairs(deds.affy, subset=c(2:12626), thresh=0.01, legend=F)


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### code chunk number 6: qqaffy (eval = FALSE)
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## qqnorm(deds.affy, subset=c(2:12626), thresh=0.01)


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### code chunk number 7: loadApoA1
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data(ApoA1) 


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### code chunk number 8: showApoA1
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dim(ApoA1) 
ApoA1.L


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### code chunk number 9: dedsApoA1
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deds.ApoA1 <- deds.stat.linkC(ApoA1, ApoA1.L, B=400, adj="adjp" ) 


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### code chunk number 10: DEDS.rnw:263-265
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sum(deds.ApoA1$p<=0.01)
sum(deds.ApoA1$p<=0.05)


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### code chunk number 11: showdedsApoA1
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topgenes(deds.ApoA1, number=9)


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### code chunk number 12: pairsApoA1
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pairs(deds.ApoA1, legend=F)


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### code chunk number 13: tstat (eval = FALSE)
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## t <- comp.t(L=affySpikeIn.L)
## t.affy <- t(affySpikeIn)


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### code chunk number 14: tstat2 (eval = FALSE)
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## t.affy <- comp.stat(affySpikeIn, affySpikeIn.L, test='t')