inst/doc/Prostar_UserManual.R

In DAPAR: Tools for the Differential Analysis of Proteins Abundance with R

### R code from vignette source 'Prostar_UserManual.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: installProstaRBiocond (eval = FALSE)
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## install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("Prostar")


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### code chunk number 3: runProstarStandalone (eval = FALSE)
###################################################
## library(Prostar)
## Prostar()


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### code chunk number 4: getProstarInstallDir (eval = FALSE)
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## installed.packages()["Prostar","LibPath"]


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### code chunk number 5: installDAPARBiocond (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("DAPAR")


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### code chunk number 6: installDAPARdata (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages("BiocManager")
## BiocManager::install("DAPARdata")


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### code chunk number 7: getDAPARdataInstallDir (eval = FALSE)
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## installed.packages()["DAPARdata","LibPath"]


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### code chunk number 8: sessionLog (eval = FALSE)
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## getProcessingInfo(obj)


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### code chunk number 9: diffAnalysis (eval = FALSE)
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## res <- diffAnaLimma(imputed_dataset, condition1, condition2)
## obj <- diffAnaSave(imputed_dataset, res, "limma", condition1, condition2)


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### code chunk number 10: GOClassif (eval = FALSE)
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## ggo <- group_GO(data, idFrom="UNIPROT", orgdb=org.Hs.eg.db, ont="MF", level=2)
## barplotGroupGO_HC(ggo)


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### code chunk number 11: GOEnrichment (eval = FALSE)
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## univ.Hs<-univ_AnnotDbPkg(org.Hs.eg.db)
## ego<-group_GO(data, idFrom="UNIPROT", orgdb=org.Hs.eg.db, ont="MF", 
##               universe=univ.Hs, pval=0.05, pAdjustMethod="BH")
## barplotEnrichGO_HC(ego)
## scatterplotEnrichGO_HC(ego)


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### code chunk number 12: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())