inst/doc/CCPROMISE.R

In CCPROMISE: PROMISE analysis with Canonical Correlation for Two Forms of High Dimensional Genetic Data

### R code from vignette source 'CCPROMISE.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(width=60)


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### code chunk number 2: Load CCPROMISE package and data
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library(CCPROMISE)
data(exmplESet)
data(exmplMSet)
data(exmplGeneSet)
data(exmplPat)


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### code chunk number 3: Display phPatt
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exmplPat


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### code chunk number 4: CCPROMISE at gene level
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test1 <- CCPROMISE(geneSet=exmplGeneSet, 
              ESet=exmplESet, 
              MSet=exmplMSet, 
              promise.pattern=exmplPat,                                            
              strat.var=NULL,
              prlbl=c('LC50', 'MRD22', 'EFS', 'PR3'), 
              EMlbl=c("Expr", "Methyl"), 
              nbperm=TRUE,
              max.ntail=10,
              nperms=100,
              seed=13)


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### code chunk number 5: Gene Level Result
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head(test1$PRres)


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### code chunk number 6: PROMISE at probe pair level
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test2 <- PrbPROMISE(geneSet=exmplGeneSet, 
              ESet=exmplESet, 
              MSet=exmplMSet, 
              promise.pattern=exmplPat,
              strat.var=NULL,
              prlbl=c('LC50', 'MRD22', 'EFS', 'PR3'), 
              EMlbl=c("Expr", "Methyl"),
              nbperm=TRUE,
              max.ntail=10,
              nperms=100,
              seed=13)


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### code chunk number 7: Gene Level Result
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head(test2$CORres)


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### code chunk number 8: Gene Level Result
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head(test2$PRres)