ArrayTools.R
In ArrayTools: geneChip Analysis Package

### R code from vignette source 'ArrayTools.Rnw'

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### code chunk number 1: ArrayTools.Rnw:55-61
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library(ArrayTools)
data(exprsExample)
head(exprsExample)
dim(exprsExample)
data(pDataExample)
pDataExample


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### code chunk number 2: ArrayTools.Rnw:70-73
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rownames(exprsExample) <- exprsExample$probeset_id
eSet <- createExpressionSet (pData=pDataExample,  exprs = exprsExample, annotation = "hugene10sttranscriptcluster")
dim(eSet)


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### code chunk number 3: ArrayTools.Rnw:90-93
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normal <- preProcessGeneST (eSet, output=TRUE)
normal
dim(normal)


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### code chunk number 4: ArrayTools.Rnw:110-112
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data(QC)
qaGeneST(normal, c("Treatment", "Group"), QC)


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### code chunk number 5: ArrayTools.Rnw:129-130
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filtered <- geneFilter(normal, numChip = 2, bg = 4, iqrPct=0.1,  output=TRUE)


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### code chunk number 6: ArrayTools.Rnw:144-146
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design1<- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = "Treatment")
design1


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### code chunk number 7: ArrayTools.Rnw:151-153
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design2<- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = c("Treatment", "Group"))
design2


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### code chunk number 8: ArrayTools.Rnw:161-163
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contrast1 <- new("contrastMatrix", design.matrix = design1,  compare1 = "Treated", compare2 = "Control")
contrast1


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### code chunk number 9: ArrayTools.Rnw:169-171
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contrast2 <- new("contrastMatrix", design.matrix = design2, compare1 = "Treated", compare2 = "Control")
contrast2


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### code chunk number 10: ArrayTools.Rnw:179-181
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result1 <- regress(filtered, contrast1)
result2 <- regress(filtered, contrast2)


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### code chunk number 11: ArrayTools.Rnw:190-192
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sigResult1 <- selectSigGene(result1, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5))
sigResult2 <- selectSigGene(result2, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5))


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### code chunk number 12: ArrayTools.Rnw:200-202
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Sort(sigResult1, sorted.by = 'pValue')
Sort(sigResult2, sorted.by = 'F')


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### code chunk number 13: ArrayTools.Rnw:210-212
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Output2HTML(sigResult1)
Output2HTML(sigResult2)


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### code chunk number 14: ArrayTools.Rnw:224-228
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designInt <- new("designMatrix", target=pData(filtered), covariates = c("Treatment", "Group"), intIndex=c(1,2))
designInt
contrastInt <- new("contrastMatrix", design.matrix = designInt, interaction = TRUE)
contrastInt


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### code chunk number 15: ArrayTools.Rnw:234-236
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resultInt <- regress(filtered, contrastInt)
sigResultInt <-selectSigGene(resultInt, p.value=0.05, fc.value=log2(1.5))


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### code chunk number 16: ArrayTools.Rnw:252-254
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intResult <- postInteraction(filtered, sigResultInt, mainVar ="Treatment",  compare1 = "Treated",  compare2 = "Control")
sigResultInt <- selectSigGeneInt(intResult, pGroup = 0.05, pMain = 0.05)


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### code chunk number 17: ArrayTools.Rnw:261-262
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Output2HTML(sigResultInt)


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### code chunk number 18: ArrayTools.Rnw:270-271
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createIndex (sigResult1, sigResult2, intResult)