ACME.R
In ACME: Algorithms for Calculating Microarray Enrichment (ACME)

### R code from vignette source 'ACME.Rnw'

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### code chunk number 1: ACME.Rnw:37-38
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library(ACME)


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### code chunk number 2: ACME.Rnw:45-49
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datdir <- system.file('extdata',package='ACME')
fnames <- dir(datdir)
example.agff <- read.resultsGFF(fnames,path=datdir)
example.agff


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### code chunk number 3: ACME.Rnw:54-55
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calc <- do.aGFF.calc(example.agff,window=1000,thresh=0.95)


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### code chunk number 4: ACME.Rnw:62-63
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plot(calc,chrom='chr1',sample=1)


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### code chunk number 5: ACME.Rnw:68-70
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regs <- findRegions(calc)
regs[1:5,]


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### code chunk number 6: ACME.Rnw:77-81
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# write both calculated values and raw data
write.sgr(calc)
# OR write only calculated data
write.sgr(calc,raw=FALSE)


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### code chunk number 7: ACME.Rnw:86-88
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# or for the UCSC genome browser
write.bedGraph(calc)